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厦门大学化学超算与联想HPC中国第一的完美结合

你知道厦门大学拥有一个国际级的50台高性能计算集群吗?有“中国最美大学”之称的厦门大学,同时也是中国重点学科的教研基地,拥有3个国家重点实验室以及5个教育部重点实验室。当“国际级”的厦门大学遇上“中国最牛”的联想HPC,两者完美结合,这就是厦门大学化学化工学院超算中心!


当联想刚刚在ISC 2015(国际超级计算机大会)上一举夺得《全球高性能计算TOP500排行榜》世界第五、中国第一的时候,我们有幸邀请到了厦门大学信息与网络中心副主任许卓斌与厦门大学化学化工学院吴玮教授、赵仪教授,同我们分享了厦大在HPC应用上的宝贵经验和未来发展规划。



从单机到x86 第三代HPC实现最高性价比


厦门大学信息与网络中心承担着厦门大学信息化应用平台的规划、开发和管理任务,并服务于计算化学、物理模拟、分子生物等相应的学科项目研究,而厦大的信息网络建设更是CERNET 2的核心节点之一。厦门大学信息与网络中心副主任许卓斌介绍说,厦大的HPC建设,经历了三代更迭,从1996年第一台Sparc单机系统,到2006年建立八个主机的校级平台,再到第三代全面采用了基于x86架构的50个计算节点,目前厦大高性能计算集群的整体架构已处于国内先进的水平。



厦门大学信息与网络中心计算机房

谈到选择x86架构服务器的原因,许卓斌副主任认为,一方面,因为近年来RISC架构向IA架构的转变已经成为主流趋势,另一方面, x86本身的性价比非常高又具备极高的扩展性,以前连接8个节点的成本就很高,现在我们可以建立50个,计算能力达25万亿次每秒,比第二代提高了将近二十倍,同时,服务器的稳定性、低耗能及针对高性能计算的特异性设计也是厦大在选择设备厂商时考虑的主要因素。

厦门大学信息与网络中心副主任 许卓斌


告别瓶瓶罐罐 迎接化学研究高性能计算时代


而在拥有8名两院院士、5名长江学者和54项国家发明专利的厦大化学化工学院,在取得“973计划”项目、“九•五”攻关、“863计划”等多个国家重大科研项目的同时,也使得他们对HPC的需求量最大、应用最广泛。因此,他们的学生不仅懂化学,更是计算机领域的专家,可以独立编程、自写软件。厦大化学化工学院的博士生导师吴玮教授讲到,传统的化学研究常常是用瓶瓶罐罐做实验,而我们的计算化学基本是在电脑前完成。作为理论与计算化学学科,以前我们主要的研究工作是根据研究对象提出理论方法与模型,并推导数学公式。


厦门大学化学化工学院 吴玮教授


现在情况不一样了,我们可以应用HPC开展许多与材料科学、生命科学相关的模拟计算,通过科学计算设计新材料和新药物,这已经成为计算化学学科研究的重要方向,计算机硬件、软件等技术的提高及高性能的计算水平的提升是推进科研创新的基础。随着计算技术在各个领域发挥越来越重要的作用,计算化学也越来越受到国家的重视。



厦门大学化学化工学院计算机房

全新理念:根植专业应用 以软件定义硬件
厦门大学早在1990年就成立了固体表面物理化学国家重点实验室,厦门大学化学化工学院赵仪教授介绍说,目前,厦大化学化工学院的高性能计算应用水平可以和国际水平相比肩。而在此期间,联想早在上个世纪90年代就成为厦大化学化工学院忠实的守护者,始终为厦大计算化学提供稳定可靠的技术支持和二十年如一日的品质服务

       厦门大学化学化工学院 赵仪教授


谈到未来的发展趋势,赵仪教授表示,如果我们的供应商能够将专业应用的需求与产品研发相结合,从硬件设计开始就嵌入化学科学计算的特点,将对我们的科学研究起到巨大的推动作用,也就是说,用软件去定义硬件,将我们的计算方法与硬件相结合,这种理念是非常具有创新性和革命性的。未来,学科专业与IT企业联合研发或是全新的发展模式。




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